Après quelques recherches sur le Net, je me suis aperçu que l'application Mail.app utilisait comme stockage une base SQLite version 3, celle ci se trouve dans notre Home Directory. Vous la marche a suivre

  • Quitter l'application Mail
  • Ouvrir un Terminal
  • Executer les commandes ci-dessous
cd ~/Library/Mail
sqlite3 Envelope\ Index

Au Prompt de SQLite lancer la commande suivante

vacuum subjects;

Puis lorsque le Prompt vous est rendu, faite un Ctrl+D

  • Relancer l'application Mail et constater un gain de rapidité.

Il est également possible d'automatiser le tout via launchd a l'aide de ce script